Добрый день,
для ПАК "ФПСУ-IP/клиент" нет никакой разницы какие данные передавать по туннелю: будь это платежные поручения, выписки, обновления ПО - если туннель установлен и данные передаются, то должно работать все. В прикладном ПО Клиент-Банк должна быть диагностика ошибки, из-за которой у Вас не отправляются платежки. Изложите суть проблемы подробнее.